Realizzate per ultime, le splendide vetrate ripropongono il repertorio decorativo dell'araldica medicea legato alle figure di Clemente VII (1478-1534) e Cosimo I (1519-1574). La raffinata decorazione che unisce motivi a grottesca, armi ed emblemi si deve, probabilmente, a maestranze fiamminghe su disegno di Giorgio Vasari